An einem kalten Abend arbeiten die Ärzte und das medizinische Personal im Krankenhaus hektisch während einer stressigen Nachtschicht an Weihnachten. Walter, ein erfahrener Arzt, warnt alle vor einem gefährlichen Grippevirus, das in England ausgebrochen ist. Alle im Krankenhaus sind besorgt, da bereits einige Todesfälle gemeldet wurden und die Lage immer schlimmer wird. Während einige sich Sorgen um die Krankheit machen, müssen unsere Hauptfiguren mit anderen Herausforderungen konfrontiert werden.
Pia und Roland, zwei junge Ärzte, erleben eine Krise in ihrer Beziehung, da ihre Bindung durch die angespannten beruflichen Umstände auf die Probe gestellt wird. Pia fühlt sich verwirrt durch die Veränderungen in ihrem Leben, während Roland vor einer wichtigen Entscheidung bezüglich seiner Karriere steht. Trotz ihrer Differenzen bemühen sie sich, ihre Beziehung aufrechtzuerhalten.
Unterdessen wird Josef Bauer, ein Lkw-Fahrer, nach einem schweren Unfall ins Krankenhaus eingeliefert. Seine Verletzungen sind nicht gravierend, doch die Ärzte stellen fest, dass er ein seltsames Symptom hat – er zeigt Anzeichen einer schweren Infektion. Die Ärzte beginnen zu vermuten, dass etwas Gefährliches im Krankenhaus kursiert. Während Tests durchgeführt werden, erkennen die Ärzte, dass Josef möglicherweise ein unbekanntes Virus aus London, einer Stadt, die mit einer ernsten Epidemie zu kämpfen hat, mitgebracht hat.
Die Situation wird noch angespannter, als das Krankenhaus von weiteren ähnlichen Fällen erfährt. Dies zwingt die Ärzte zu schwierigen Entscheidungen, besonders als der Gesundheitszustand von Josef sich weiter verschlechtert. Neben der gesundheitlichen Krise sind auch die persönlichen Beziehungen der Ärzte betroffen. Roland sieht sich einem harten Wettbewerb um eine wichtige berufliche Position ausgesetzt, während Pia sich Sorgen um die Zukunft ihrer Beziehung macht. Geheimnisse werden nach und nach aufgedeckt, was die Situation noch komplizierter macht.
Die Spannungen in der Klinik sind nicht nur auf die Karriere und die Krankheit zurückzuführen, sondern auch auf wichtige persönliche Entscheidungen. Wieder einmal zeigt “In aller Freundschaft”, dass im Krankenhaus nichts sicher ist, und jede Entscheidung, sei sie noch so klein oder groß, das Leben eines jeden verändern kann.